«…всякое назначение по воле Государя императора считаю для себя особенным счастьем…»
И.С. Унковский
16 мая 1860 года по итогам дальнего плавания на фрегате «Аскольд» И.С. Унковский был произведён в контр-адмиралы, с назначением в Свиту его величества, награждён орденом Св. Владимира 3 степени и годовым окладом жалованья. Жизнь его неожиданно изменилась в феврале 1861 г., когда он попал в число чинов Свиты, отправляемых императором в губернии незадолго до подписания манифеста об освобождении крестьян. По повелению императора Александра II Унковский был командирован в Черниговскую губернию, где находился с 8 марта по 6 июня 1861 года: «…Государю императору благоугодно было в числе генерал-майоров Свиты его величества и флигель-адъютантов, командируемых в разные губернии по случаю приведения в действие новых законоположений о крестьянах, выходящих из крепостной зависимости, назначить и контр-адмиралов:… Унковского…» [из записки генерал-адъютанта графа В.Ф. Адлерберга от 10 февраля 1861 г.].
Из документов фонда Инспекторского департамента Морского министерства (Ф. 283) видно, что после успешного выполнения порученных дел Иван Семёнович 6 июня прибыл в Москву, где получил высочайшее разрешение отправиться в отпуск к родным, в Калужскую губернию, на шесть недель. Но уже через неделю калужский губернатор вручил ему телеграмму из Петербурга с вопросом – согласится ли он на назначение ярославским губернатором? В ответной депеше 15 июня И.С. Унковский писал: «имею честь уведомить: всякое назначение по воле государя императора считаю для себя особенным счастьем» (РГАВМФ. Ф. 283. Оп. 3. Д. 1728. Л. 15). 28 июня 1861 года состоялся высочайший приказ по морскому ведомству, которым генерал-адъютант адмирал граф Е.В. Путятин был назначен министром народного просвещения, а «Свиты его императорского величества контр-адмирал Унковский назначен Ярославским военным губернатором, управляющим и гражданскою частью, с оставлением в свите его величества и с производством прибавочного содержания по три тысячи рублей в год…» [из послужного списка И.С Унковского].
На посту губернатора Унковский своей честностью и беспристрастностью в проведении крестьянской реформы заслужил почет и уважение. Возмужавший в плаваниях Иван Семенович отличался твердым характером и прямотой. Оставаясь непримиримым врагом коррупции, он смещал даже высокопоставленных чиновников, замеченных в злоупотреблениях властью. «Из-за постоянного преследования чиновников за взятки И.С. Унковский в первые годы своего пребывания в Ярославле получил прозвище "местного Робеспьера"» (Марасанова В.М. Адмирал И.С. Унковский – ярославский губернатор (по документам ГАЯО) // Отечественные архивы. 2004. № 5. С. 42–48).
Руководить губернией Ивану Семёновичу довелось в эпоху буржуазных реформ: крестьянской, земской, городской, судебной, военной. Заработали земские управы, открылись городские думы, началось гласное судопроизводство. Это было время бурного промышленного роста. В губернии создавались новые предприятия, развивалось судоходство, была открыта бесплатная лечебница. Ярославль и Москву связала железная дорога. Иван Семенович Унковский способствовал проведению ярмарок, при его содействии в губернии появились первые земские школы и училища. Неудивительно, что Унковский удостоился звания почетного гражданина Мологи (1864 г.), а также Ярославля и Рыбинска (1865 г.).
В 1865 году высочайшим приказом по морскому ведомству за отличие по службе Унковский был произведён в вице-адмиралы.
За 16 лет нахождения на должности губернатора Иван Семёнович Унковский был награждён орденами Св. Анны 1-й ст. (1863 г.), Св. Анны 1-й ст. с императорской короной (1865 г.), Св. Владимира 2-й ст. (1869 г.), Белого Орла (1871 г.).
В 1873 г. И.С. Унковский был назначен сенатором с сохранением за ним губернаторского поста: «…Именным высочайшим указом, данным 1 января 1873 года Государственному совету, всемилостивейше повелено присутствовать в Правительствующем сенате с оставлением в настоящей должности…» [из формулярного списка И.С. Унковского].
За полезную деятельность по взиманию налогов в 1874, 1875, 1876 гг. И.С. Унковскому выражалось «высочайшее благоволение».
4 апреля 1877 г. И.С. Унковский покинул беспокойный губернаторский пост – в этот день вышел приказ о назначении его почетным опекуном Московского присутствия Опекунского совета учреждений императрицы Марии.
22 июля 1879 года за многочисленные заслуги Иван Семенович был произведён в адмиралы, в 1880 г. удостоен ордена Св. Александра Невского, а 15 мая 1883 г. – Св. Владимира 1-й ст.
Скончался Иван Семенович в Москве 11 августа 1886 года. Похоронен в его имении в селе Козлово Калужской губернии.
Российская история знает много примеров беззаветного служения Отечеству. Бесспорно, таким был и И.С. Унковский. Именем адмирала Ивана Семеновича Унковского, командира фрегата «Паллада», путешественника, государственного деятеля, на географической карте названы бухта и небольшие острова в Японском море.