К началу войны штат архива состоял из 68 человек, из них 53 человека научно-оперативного и 15 человек административно-хозяйственного состава.
13 сотрудников были призваны в армию по мобилизации или ушли добровольцами на фронт, 12 были эвакуированы, в т.ч. 7 в г.Чкалов с документами архива. 15 человек уволили по возрасту или как малоценных для работы специалистов.
С первых дней войны все архивные учреждения Ленинграда, в т.ч. и архив военно-морского флота, стали перестраивать работу применительно к условиям военного времени. Уже 01 июля 1941 г. начальник архива Жмакин запросил Главное архивное управление, куда должны быть направлены отобранные для эвакуации архивные материалы и что нужно отбирать в первую очередь, т.к. для этих целей архиву предоставлялось всего 12 машин, т.е. 3-4 железнодорожных вагона. По указанию Главархива в течение июля-августа были эвакуированы в г.Чкалов наиболее ценные документы архива и весь научно-справочный аппарат , в т.ч. делопроизводственные дела, 63 ящика с запросами, 264 ящика с картами, отдельно отмечены 272 ящика с эстонскими картами и чертежами, а также 2 папки россыпи начальника архива Жмакина.
23 июля 1941 г. и до особого распоряжения архив был переведен на казарменное положение. Приказом от 24 июля был объявлен распорядок дня для лиц, находящихся на казарменном положении: подъем 7.30, туалет 7.30-8.00, утренний чай 8.00-8.40, начало работы 9.00, обед 13.00-14.00, наряды на посты 18.10-18.25, ужин в буфете 18.25-19.00, учеба и политбеседы 19.10-20.40, личный отдых и вечерний чай 20.40-23.00, отбой 23.00. В ночное время отдыхающим разрешалось снимать с себя обувь и часть верхней одежды. С 22 августа увольнение с объекта разрешалось 1 раз в неделю с 18 до 23 часов и лишь в самых исключительных случаях и при условии образцового поведения на объекте с ночевкой на дому .
01 августа на общем собрании коллектива была принята резолюция, постановляющая до конца войны ежемесячно отчислять однодневный заработок и сдать все облигации по старым займам в фонд обороны...